La sequía es una amenaza porque el déficit de lluvias influye sobre múltiples aspectos ambientales, productivos, económicos y humanos en la región en que se presenta. Además, puede incrementar condiciones preexistentes como el déficit de agua para regadío, consumo humano y otros usos debido a deforestación de las cuencas, que por sí misma genera déficit de caudales en los periodos estacionales secos. Si además la época de sequía está precedida por disminución de las precipitaciones durante las estaciones lluviosas, los efectos son mayores.

La amenaza de sequía no es ajena a los territorios andinos, como el caso de Colombia, que a pesar de ocupar uno de los primeros lugares en el mundo en riqueza hídrica sufre episodios de ausencia o déficit de precipitaciones.

Las áreas de mayor susceptibilidad a sequías se concentran en Bolivia y sur del Perú. De 730 mil km2 con mayor susceptibilidad, el 56% corresponde a Bolivia y el 27%, a Perú. Las sequías son frecuentes desde el suroriente de Bolivia, en la región de El Chaco y en todo el altiplano. En Perú predominan en la sierra sur y en el altiplano. En Ecuador se presentan en la costa del Pacífico y en Colombia en los valles interandinos, el Caribe y parte del Pacífico en el Chocó biogeográfico (Mapa 46), la mayoría de ellas asociadas con episodios de El Niño y La Niña.

Como toda sequía es relativa al promedio de lluvias en cada área geográfica, la amenaza debe ser analizada particularmente (Figura 4.9). En El Chaco boliviano, área relativamente seca, se ven amenazados los cultivos, el ganado y el abastecimiento de agua para consumo humano. En el altiplano de Bolivia-Perú y la sierra sur del Perú los pastos se secan, las cosechas se deterioran e incluso se pierden y el ganado sufre de sed e incluso muere. En Ecuador se afectan cultivos de arroz, banano, sandía y palma africana, entre otros. En Colombia históricamente también son afectados los cultivos, el abastecimiento de agua, la producción energética y la ganadería, mientras que en el Pacífico, en particular en el Chocó biogeográfico, entre los impactos está la disminución de caudales que afecta la navegación fluvial, casi único medio de transporte en la zona.

Además de pérdidas agropecuarias, sobrecostos de producción por bombeo de aguas subterráneas o disposición de reservorios temporales, la salud humana es amenazada por diversas enfermedades debido al consumo de aguas empozadas o contaminadas y existe la probabilidad de hambrunas. En muchos casos las sequías prolongadas generan migración de población humana. Otros sectores productivos (diferentes al agropecuario) se ven amenazados cuando disminuye el volumen de agua en los embalses y la generación de energía se restringe hasta el nivel en que se requiere realizar racionamientos que afectan todas las cadenas productivas y de comercialización de productos.

Otros fenómenos asociados con las sequías son: disminución del nivel de infiltración del agua, pérdida de caudal, percolación más profunda, mayor evapotranspiración, reducción de la biomasa derivada del estrés hídrico de las plantas, y menor recarga de acuíferos.

Por último, durante las sequías aumenta la radiación solar sobre el suelo y la vegetación y disminuye la nubosidad por lo que, asociada con la sequía, la probabilidad de heladas aumenta en las noches, a la vez que se presentan condiciones favorables para la quema de pastizales y los incendios forestales. Cuando la sequía es extrema y hay olas de calor, la salud humana puede estar tan comprometida que se presentan muertes, especialmente de niños y adultos mayores.

En la Figura 4.9 (pág. 142) se ilustra el régimen mensual de lluvias en diferentes zonas de la subregión. En algunas regiones de la Comunidad Andina las sequías se intensifican durante episodios de El Niño o La Niña, según cada uno de ellos implique disminución de las lluvias con respecto al valor promedio.